化粪池的清洁周期与粪便污水的温度、建筑物的性质、排水质量和水的流量直接相关。如果清洗化粪池的周期过短，化粪池内的溶液浓度会过高，与实际化粪池的浸泡周期相差太大，严重影响正常发酵和污水处理的效果，甚至导致粪便溢出。
化粪池的清洁周期与粪便污水的温度、建筑物的性质、排水质量和水的流量直接相关。如果化粪池的清洗周期过短，化粪池内的溶液浓度会过高，导致与化粪池实际浸泡周期有较大差距，严重影响正常发酵和污水处理的效果，甚至导致粪污溢出，影响周围环境卫生。如果化粪池清洗的设计周期过长，那么化粪池的容积就会过大，从而增加成本。因此，人们经常要求化粪池的清洗周期应为3~12个月，但现在实际检查大多为3~9个月。这是因为酸发酵的阶段是三个月，而降酸的周期是5个月左右。
截至目前，化粪池清洗周期的决策时间应综合考虑污水处理效果、成本和管理三个因素，因此化粪池的清洗周期一般不能少于一年。在清理化粪池的过程中，需要先用铁钩打开化粪池的盖板，然后用长达8米的长竹竿将化粪池内部的杂物粘结层角质化。然后，把吸粪车开到工作地点，把软管放在里面，然后启动车的开关把固体物质吸出来，直到把里面的结块物质吸干净。
在工作过程中，要防止弄脏工作现场和路人的衣服。然后盖上化粪池的井盖，用清水清洗周围的工具和工作场地。化粪池的浸泡期为一年。化粪池清理后，要观察井内无漂浮物，保持出入口畅通。防止污水溢出地面。化粪池井盖打开后10~15分钟，不能袖手旁观池，严禁在池内点火或吸烟。这是为了防止沼气着火，不能直接下到室内工作。这是为了防止中毒或落水。
化粪池井盖打开后，工作人员不能离开现场。只有井盖清理干净了，他们才能走开。化粪池清洗过程中，需要使用仪器检查是否含有有毒气体。只有在没有有毒气体的情况下，才能组织车辆对化粪池内的漂浮物进行抽水。抽水完成后，用污水泵将里面的水排出。清洗车经过二次处理后，将沉淀物和淤泥稀释，排出一些隐藏在底部的气体，然后排出污水，用仪器再次检测。
